QKC は変換をする前に、まず、入力ファイルで使われている漢字コードを自動検出します。このため、通常は出力する漢字コードを指定するだけでよく、入力ファイルの漢字コードを明示的に指定する必要はありません。ただし、JIS コードが 7 ビット JIS コードの場合は、あえて [7bit モード] を指定します。
自動検出の結果、変換の必要がなく、出力改行コードが [変換しない] に設定されているときは処理はスキップされます。ただし、出力先が別ファイルの場合は、無変換のまま出力されます。また、極めて稀ですが、ファイルを上書きする場合で漢字コードが同定できないときも処理はスキップされます。
QKC は大抵のテキストファイルでは正常に自動検出しますが、初めて出現する漢字コードよりも前に多数の 1 バイトの片仮名が存在する場合、自動検出できないことがあります。この場合、入力漢字コードを明示的に指定して下さい。