BASICで LIST や FILES 実行中に STOP キーを押せば一時停止できますが、その後の復帰ができません(HB-F1XVのROMを使用)。 止まってしまう部分は以下のようなコードになっています。
050B : 21 9B FC LD HL,0FC9Bh 050E : F3 DI 050F : 7E LD A,(HL) 0510 : FB EI 0511 : 36 00 LD (HL),00h 0513 : A7 AND A 0514 : 28 F8 JR Z,050Eh
FC9Bh は Ctrl+Stop を押した時に 03h、Stop キーを押した時には 04h が設定されます（vsync割り込みで処理される）。
どうやら、割り込みが上手く発生していないようです（fMSX98 は CPU の実行命令数から割り込みのタイミングを得るから。-ifreq を指定しても割り込みの発生のタイミングは CPU の実行命令数に依存します）。 しかも、割り込みが発生し00h以外が設定されても、LD (HL),00h でフラグがクリアされてしまうので検出しにくくなっています。
というわけで、以下のように変更してみました。
050B : 21 9B FC LD HL,0FC9Bh 050E : FB EI 050F : 7E LD A,(HL) 0510 : A7 AND A 0511 : 28 FC JR Z,050Fh 0513 : 36 00 LD (HL),00h 0515 : 00 NOP
FC9Bh のクリアを最後だけにしましたので、確実にループから抜けることができます。