NEC PC-9800で使用可能なハードディスクのフォーマットには、次の３タイプがあります（下の表を参照のこと）。
PC-98形式というのは通常用いられるPC-9800シリーズ専用の形式で、16個までのパーティションを作ることができます（うちアクティブなのは４個まで）。
PC/AT形式は、PC/AT互換機のFDISKコマンドにより作成される形式です。区画を４個まで作ることができます（しかし起動できるのは、４個のうちアクティブ属性をつけた１個だけ）。区画には基本区画のほか拡張区画という属性があり、拡張区画のサブ領域を複数作ることができます。
SuperFloppy形式というのは、MOなどのリムーバブルディスクで使われた形式です。パーティション分割ができませんので大容量なハードディスクのフォーマット形式として使うのは適切ではありません。リムーバブルディスク以外で使用されることも通常ありません。
| ＯＳ→
形式 |
MS-DOS5.0
MS-DOS6.2 |
Win95
Win98 |
Win2K,NT
bootable |
Win2K,NT
non-boot |
FreeBSD(98) | その他のOS |
| PC-98形式 | ◎ | ◎ | ◎ | × | ◎ | |
| PC/AT形式 | △ | ◎ | ○(*1) | ◎ | × | |
| SuperFloppy | △ | ○(*2) | × | × | × |
◎認識可能
○認識可能（条件による）
△デバイスドライバがあれば認識可能（ドライバが実在した）
×認識不可能、認識できるドライバが存在しない
(*1)以前に使用したPC-98形式の痕跡を完全に消しておく必要がある
(*2)デバイスマネージャで「INT13hユニットでない」扱いにする必要がある
Win2K，NTのbootableというのはUIDE，SCSIなど起動可能デバイスとして接続の場合
Win2K，NTのnon-bootというのはUSB，IEEE1394接続などの場合
PC-9800シリーズで動くOSは、当然ながらPC-98形式は認識できます。それ以外の形式は、専用のデバイスドライバがないと一般的には認識できません。しかしWindowsでは、PC/AT形式も基本的に認識できるようになっています。したがって、PC-9800用の起動ドライブとしない（データドライブ）ならば、PC/AT形式にしておいたほうが便利です。いざというときにPC/AT互換機に繋いで処理できるからです。
フォーマットする際に、どの形式でフォーマットされるのか、一応注意を払っておいたほうがよいでしょう。といっても、ほとんどのフォーマッタは、PC-9800上で動作しているのならばPC-98形式のフォーマットをします。
よくわからない形式でフォーマットされては困るので、確実にPC/AT形式でフォーマットしておきたい場合は、実際にPC/ATマシン上でフォーマットしておくのが無難です。PC/AT互換機上でなら、PC-98形式でフォーマットされることはありません。
■ 注意すべき事項
Win9xの場合、OS付属のフォーマッタ（FDISK,FORMAT）は当然動作するはずですが、約32GB以上大容量のハードディスク(の場合のフォーマットパラメータ)に対しては誤動作してしまい、使い物になりません（註）。そこで、サードパーティのディスク製品のフォーマッタを使用することになります。このときどういうフォーマットがなされるかは、各製品あるいは接続条件によりさまざまです。PC-98を知っているフォーマッタであればPC-98形式でフォーマットされる可能性が高いですが、注意が必要です。 サードパーティ製フォーマッタの場合、一般に、起動のためのシステム転送をおこないません。また、PC-98形式が適切であるとは限りません。Windows2000においては、リムーバブルなUSB、IEEE1394接続のときにPC-98形式が認識できないという問題があるようです（上の表を参照）。
いっぽうWindows2000、NTでは、一般にサードパーティ製フォーマットが使用できません。Windowsのディスク管理からのフォーマッタを使います。このフォーマッタには、既にPC/AT形式でフォーマットされて領域が存在する場合は、領域の追加削除はPC/AT形式でおこなわれるという便利(?)な性質があります。
なお、Windows2000では、以前にPC-98形式で使っていた残骸が残っていると（たとえば固定ディスク起動メニュー）、PC/AT形式で正しくフォーマットされているのに、それを認識できなくなるようです。 PC/AT形式とPC-98形式のパーティションテーブルは同じセクタに存在しないことから、FDISKなどを実行しても破壊されずに残ってしまっています。。これを消去するには、先頭の16セクタぶん（最小限）をゼロ値など無意味なデータで埋める必要があります。PC/AT互換機で使用していたハードディスクをPC-98で使用する前には、なんらかの消去ユーティリティを使用して、AT互換機で使用していた情報をクリアしておく必要があります。
逆に、PC-98で使用していたものをPC/AT互換機で使用する場合はどうでもよいのですが、再びPC-98に繋ぐときに問題になるので、PC/AT互換機に持ってゆく前に消去ユーティリティを実行しておくべきです。
いずれの場合にも、98側で実行する消去ユーティリティとしては、大熊猫さん作のソフト"NEWHD"が便利です。UIDE-xxに接続している場合は、そのBIOSメニューにある「消去」機能を使用してもよいです。なおDISKINITコマンドもこの目的で使用できますが、時間がかかるだけであまりメリットがありません）。