Mail Cutterを実行する前に2つのフォルダを用意しておきます。同一ドライブに設定してください。(フォルダの作り方参照)これをTempFolder、MainFolderとします(下の4)でこれらのフォルダを指定します)。(TempFolderの中のファイルは実行時に全て削除されます、必ず新しい空きフォルダを用意してください。)
2)このプログラムを実行します。
基本的にMLのメッセージを想定しているのでOKだと思いますが(普通は「件名」に通し番号が入っていますから)。tamaさんの意見を参考に、ファイル名に連番や日時を付加するオプションをつけましたので、あまり重複する場合は、付加するように設定してください。
Ver 4.6から、添付ファイルの保存の時には、フォルダを作成してそこに保存するようにしました。
一応、重複時のエラーを回避できると思います。