一つ目のファイル

文字どおり一つ目のファイルを指定します。Select...ボタンを選択するとダイアログが出てファイルを選択できます。また、ここはエクスプローラからファイルをドラッグアンドドロップで指定することも可能です(フォルダはドロップできません)。また、ショートカットをドロップした場合その本体のファイル名を自動的に探してきて入れます。

ちなみに、相対パスでも指定できますが、この場合はカレントディレクトリが基準になります(普通はJoint.exeがあるディレクトリ)のであまり役に立たないかもしれません。