DOS プログラムを実行した後、自動的にウインドウを閉じる

ソースを見れば一発でしょう。

WinExec("command.com /c progdos.exe", SW_SHOWNORMAL);

command.com を c オプションで起動してそれに実行ファイルを引き渡せば良いということです。

・・・WindowsNT4.0/2000/XP では使えないね(苦笑)