ハードディスク内のファイルは使っているうちに
ファイルが断片化します。わかりやすくいうと...
┏ハードディスク━━━━┓最初はまっさらですが...
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┏ハードディスク━━━━┓何かデータを書いて...
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┏ハードディスク━━━━┓さらにデータを書いて...
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┏ハードディスク━━━━┓青のデータのサイズが
┃■■■■■■■■　　　┃大きくなってしまった
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┏ハードディスク━━━━┓緑のデータを消して...
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┏ハードディスク━━━━┓他のデータを
┃■■■■■■■■■■　┃書いちゃったりとか...
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こんなことをしていると（というか普通にしてればそうなる
）、ファイルがあっちゃこっちゃいって、アクセスに時間が
かかってしまいます。上の図解でいうと、青のファイルは断
片化されていますが、読み出すときは飛んでる先を探し出し
て、ちゃんと読み書きできます。が、つながっている方が、
あちこち行かなくていいので、アクセスが速くなります。
下から二番目の図解の状態とかだと、ファイルとファイルの
間にハードディスクの空きがはさまって、有効活用できない
ことがあります。デフラグを実行するとこれらのことを解決
してくれます。
Windows 95では...
  空きを詰める→数MBくらい空くかも
  断片化したファイルをつなげる
Windows 98ではさらに...
  プログラムがファイルを読み込む順番に
  ファイルを並べます。