| ■MISSION -- : ミッション名 |
| ２次攻撃：２次攻撃の発生条件。 分岐：ミッションの分岐。 A条件：評価Aを取るための条件。 |
GRルート
Neucomルート
ウロボロスルート（GR）
ウロボロスルート（Neucom）
■UPEOルート■ |
| ■MISSION 01 : Awakening −U P E O 、 出 動− |
| ２次攻撃：３分未満でターゲット全滅。 分岐：なし A条件：２次攻撃発生。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 02 : Bravado −S A R F の エ ー ス− |
| ２次攻撃：４分未満でターゲット全滅。 分岐：なし A条件：２次攻撃発生。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 03 : Enter Dision −ゼ ネ ラ ル の デ ィ ジ ョ ン− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 ※訓練終了時のポイントで、２次攻撃の敵機の数が変化する。 分岐：なし A条件：訓練で高得点を取る（※5000pts以上が理想）。 ※ポイントの取り方 |
▼
| ■MISSION 04 : Paper Tiger −張 り 子 の 虎− |
| ２次攻撃：３分未満でターゲット全滅。 分岐：ミッション終了後、イベントにて A条件：２次攻撃発生。エネミー破壊多数。 ※着艦／着陸イベント。 |
▼
| ■MISSION 05 : Broken Truce −停 戦 協 定 破 棄− |
| ２次攻撃：３分未満でターゲット全滅。 分岐：なし A条件：２次攻撃発生。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 06 : Ghost of the Past −よ み が え る 記 憶− |
| ２次攻撃：５分３０秒未満で施設発見。 分岐：施設発見＞MISSION 07へ。 A条件：２次攻撃発生。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 07 : No Clearance −作 戦 外 行 動− |
| ２次攻撃：３分３０秒未満でターゲット全滅。 分岐：ミッション冒頭、イベントにて A条件：２次攻撃発生。 ※離陸イベント。着陸イベント。 |
▼
| ■MISSION 08 : Fragile Cargo −匿 名 の テ ロ リ ス ト− |
| ２次攻撃：飛行船の誘導に成功。 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 ※スタート地点が３ヶ所からランダムで選ばれる。 |
▼
| ■MISSION 09 : Scylla and Charybdis −レ イ ニ ー 岬 の 交 錯− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：２次攻撃にて A条件：護衛機被害なし。 ※給油イベント。 |
▼
| ■MISSION 10 : Fates Intertwined −U P E O の 改 革− |
| ２次攻撃：１分３０秒未満でターゲット全滅に失敗。 分岐：なし A条件：１次攻撃でターゲット全滅。 |
▼
| ■MISSION 11 : Reaching for Stars −星 を 目 指 す 光− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 12 : One-Way Ticket −ユ ニ ッ ト 奪 回− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：５分未満でクリア。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 13 : Bug Hunt −ナ ノ バ イ ト 暴 走− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 |
▼
| ■MISSION 14 : Pawns in the Game −パ ー ク の 陰 謀− |
| ２次攻撃：※レーダーに引っかかる。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 ※１分３０秒以内に高度１３０００まで上昇しないとレーダーに引っかかる。 |
▼
| ■MISSION 15 : Damage Control −始 ま り の 指 導 者− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 16 : Broken Wings −レ ナ の 翼− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 |
▼
| ■MISSION 17 : Sphyrna −ス フ ィ ル ナ 追 撃− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 18 : A Canopy of Stars −夜 空 の 下 で− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■ENDING 03 |
■General Resourceルート■ |
| ■MISSION 19 : Soldier of Fortune −新 し い 場 所− |
| ２次攻撃：３分未満でターゲット全滅に失敗。 分岐：なし A条件：１次攻撃でターゲット全滅。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 20 : Megafloat −メ ガ フ ロ ー ト 制 圧− |
| ２次攻撃：３分３０秒未満でターゲット全滅に失敗。 分岐：２次攻撃にて A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 21 : Target Acquisition −隠 蔽 さ れ し も の− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 ※ターゲット全滅までの時間（３分未満か否か）で、２次攻撃の敵機の数が変化する。 分岐：なし。クリア後MISSION 23へ。 A条件：１次攻撃、３分未満でターゲット全滅。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 22 : Partners −コ ン ビ ネ ー シ ョ ン− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 23 : Tainted Peace −偽 り の 平 和 は− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 ※給油イベント。 |
▼
| ■MISSION 24 : Stratosphere −眼 下 の 強 敵− |
| ２次攻撃：一定時間後。 分岐：ミッション中 A条件：５分未満でターゲット（R-531）全滅。 ※着陸イベント。 |
▼
| ■MISSION 25 : Welcoming Committee −シ ャ ト ル 破 壊 作 戦− |
| ２次攻撃：１分３０秒未満でシャトル撃墜に失敗。 分岐：なし。クリア後MISSION 27へ。 A条件：１分３０秒未満でシャトル撃墜。 |
▼
| ■MISSION 26 : Technology Transfer −強 襲 ！ 宇 宙 開 発 基 地− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし。クリア後MISSION 28へ。 A条件：エネミー破壊多数。 ※アントリオンが全滅、またはロケットの撃墜に失敗するとミッション失敗。 |
▼
| ■MISSION 27 : Claustrophobia −霧 の 峡 谷− |
| ２次攻撃：６分未満でターゲット全滅に失敗。 分岐：なし A条件：６分未満でターゲット全滅。エネミー破壊多数。 ※IRBM発射後、３分未満で破壊できないとミッション失敗。 |
▼
| ■MISSION 28 : Dilemma −二 度 目 の 決 断− |
| ２次攻撃：なし 分岐：ミッション終了後、イベントにて A条件：９分未満でターゲット全滅。エネミー破壊多数。 ※着艦イベント。 |
▼
| ■MISSION 29 : Betrayal −異 変− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：ターゲット破壊多数。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 30 : Heart of the Serpent −ウ ロ ボ ロ ス の 脅 威− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：２次攻撃にて、ナイトレーベンへ３分以内に A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 31 : Geofront Attack −ブ レ イ ク ・ ダ ウ ン− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 |
▼
| ■MISSION 32 : Casualties of War −有 翼 の 悪 魔− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 33 : Geopelia −銀 色 の ８ 機− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 ※離陸イベント。 |
▼
| ■ENDING 01 |
■OUROBOROSルート■ |
| ■MISSION 34 : The Orientation −ヘ ビ の 意 志− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：２次攻撃にて A条件：ターゲット全滅。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 35 : Liquidation −残 存 の ニ ュ ー コ ム− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 36 : Archemesis −最 後 の テ キ− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 37 : Memory Error −消 え ゆ く 記 憶− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 38 : Electrosphere −エ レ ク ト ロ ス フ ィ ア− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 |
▼
| ■ENDING 02 |
■Neucomルート■ |
| ■MISSION 39 : Power for Life −ニ ュ ー コ ム の 力− |
| ２次攻撃：４分未満でターゲット全滅。 分岐：２次攻撃にて、燃料タンクとレーダーの破壊数 A条件：２次攻撃発生。燃料タンクとレーダーを７個以上破壊。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 40 : Guardian Angel −シ ャ ト ル 帰 還− |
| ２次攻撃：４分未満でターゲット全滅に失敗。 分岐：なし。クリア後MISSION 42へ。 A条件：４分未満でターゲット全滅。 ※離陸イベント。着陸イベント。 |
▼
| ■MISSION 41 : Zero Gravity −大 気 圏 離 脱− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：３分未満でターゲット全滅。 ※大気圏再突入イベント。 |
▼
| ■MISSION 42 : The Prize −衛 星 回 収 作 戦− |
| ２次攻撃：２分未満でターゲット全滅。 分岐：なし A条件：２次攻撃発生。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 43 : Utopian Dreams −夢 と 現 実− |
| ２次攻撃：なし 分岐：ミッション終了後、イベントにて A条件：レーダーに引っかからない。エネミー破壊多数。 ※高度が１３００以上になるとレーダーに引っかかる。 ※着艦イベント。 |
| ■MISSION 44 : Reality Distortion −そ れ ぞ れ の 真 実− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：シンシア機被害なし。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 45 : Counterrevolution −離 脱− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 ３次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 46 : Persuit −ナ イ ト レ ー ベ ン 追 撃− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 |
▼
| ■MISSION 47 : Self Awareness −サ イ モ ン 再 び− |
| ２次攻撃：３０秒経過。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■ENDING 05 |
| ■MISSION 48 : Resistance −ク ー デ タ ー の 声 明− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：２次攻撃にて A条件：２次攻撃、９０秒未満でターゲット全滅。エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 49 : Radio Silence −無 言 の シ ン シ ア− |
| ２次攻撃：ターゲット全滅。 ３次攻撃：ターゲット全滅。 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 50 : Revenge −フ ィ ー の 決 意− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：エネミー破壊多数。 |
▼
| ■MISSION 51 : Tunnel Vision −ジ オ フ ロ ン ト ・ パ ス− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：トンネル通過。 ※難易度によってミッションの長さが違う。 |
▼
| ■MISSION 52 : Sole Survivor −悪 夢 の 最 期 に− |
| ２次攻撃：なし 分岐：なし A条件：ターゲット全滅。 |
▼
| ■ENDING 04 |