C++ / Ruby
C++ class library
- C-EXPANDEX: Cluster expansion
-
- multiComponent.cpp
- 多元系のCluster expansionを扱うためのクラス
- parseInput.cpp
- 入力ファイルをparseするためのクラス．別途Boost libraryが必要
- clusterSort.cpp
- 対称性で判別されたクラスターを，ユーザ定義のsublatticeを元にソートし直す (４体クラスターまで対応)
- spinBank.cpp
- Ground State Searchを行うときのspinの配置を効率よく扱うためのクラス（多元系に対応）
- cellBank.cpp
- スーパーセルをユーザー定義の分割数に基いて並進対称性を保ったまま分割する
- gsSurfFast.cpp
- 表面の指定した層のみにおけるGround State Searchを効率よく行うためのメインクラス
- getSortCorrelation.cpp
- バルクと同タイプのクラスター毎にsortした表面クラスターの相関関数を求めるためのクラス
Ruby scripts
- VASP utility
-
- getCalcCondition.rb
- 複数の計算ディレクトリを対象に,計算の進捗状況,更新日時,マシン名,収束エネルギー等を出力
- fileStat.rb
- ファイルの更新日時等を扱うクラス
- parseVaspLog.rb
- VASPのログファイルをparseするためのクラス
- prepareVASP.rb
- POSCAR等から，自動的に計算ディレクトリ作成・CMC用の入力データ作成
- setMachine.rb
- MachineListを読み込んで，自動的にAuto-shellとmachineファイルを作成
- parseVasprun.rb
- vasprun.xmlをparseするクラス．ruby標準のxmlパーサーを使用しています
- C-EXPANDEX: Utility
-
- gaScript.rb
- energyのファイルに合わせて相関関数を整理するetc
- getComparisonBulkAndSurfECI.rb
- バルクと表面の有効相互作用を，対応したクラスターごとにgnuplot形式で出力
- getECISurfMC.rb
- 表面のMCに用いる有効相互作用エネルギーの順にECIをソートし直す
- getGroundState.rb
- Ground State convex hullを描くためのデータを出力
- getLSinSurf.rb
- 表面の有効相互作用をlinear programmingでfittingするためのLSファイルを出力
- getPureSurfLayerInfo.rb
- 表面スラブから，Bulk-layerからの寄与を差し引いたデータを出力
- getSameCorrelation.rb
- 二つのcluster.out.sortファイルを比較し，同一のクラスターの相関関数を探す
- identicalCluster.rb
- 厳密に等しいクラスター同士を扱うクラス
- identifyCluster.rb
- 表面とバルクで等しいクラスター同士を扱うクラス
- multiplyECI.rb
- 相関関数に用いた原子数とenergyファイルの原子数が異なるときにECIの辻褄を合わせる
- prepareGS.rb
- Ground state searchを組成刻みで用意する
- parseClusterOutSort.rb
- cluster.out.sortのパーサー
- parseCMCout.rb
- cmc.outのパーサー
- parseCORRELATION.rb
- CORRELATIONファイルのパーサー
- parseECI.rb
- ECIのパーサー
- parseENERGY.rb
- ENERGYファイルのパーサー
- parseMachineList.rb
- MachineListファイルのパーサー
- parseMCin.rb
- MC.inファイルのパーサー
- parseSigmaSet.rb
- sigmaSet.in(out)のパーサー
- parseSortIndex.rb
- sortIndex.out(in)のパーサー
- PHON utility
-
- makePhonPOSCAR.rb
- SPOSCARとDISPから，displaceさせたPOSCARを自動生成する
- parseDISP.rb
- DISPファイルをparseするクラス
- forceForLH.rb
- Local harmonic modelのデータベース構築用に，平衡位置からの原子変位ベクトル，HF-Force，及び原子質量をまとめて出力する
- makePosForce.rb
- option [-m]: vasprun.xmlから，positionとForceを6列フォーマットで標準出力する．MapleプロシージャのPlotForce用の入力ファイル形式にも対応
- option [-c]: Forceのチェック用に，動かした原子にかかるForceのみを出力する．DISPファイルとvasprun.xmlが必要．ワイルドカード可．
- General
-
- linearAlgebra.rb
- 行列演算関係のモジュール
- printData.rb
- データの標準出力関係のモジュール
Maple
- 3D Plot
-
- PlotForce
- 原子位置とForceの6列データから，各原子に働くForceの方向と大きさを原子と共に3次元で可視化するプロシージャ: 出力例
go to <home>