TRUNK
C++ class library
- C-EXPANDEX: Cluster expansion
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- gsmcSurf.cpp
- Grand canonical ensembleの下で表面の平衡状態を効率よくシミュレートするクラス
- cmcSurf.cpp
- Canonical ensembleの下で表面の平衡状態を効率よくシミュレートするクラス
- gcmc.cpp
- Grand canonical ensembleの下で平衡状態をシミュレートするクラス
- parseECI.cpp
- ECIファイルのパーサー（多元系に対応）
- cmcFast.cpp
- 基底状態の配置をMonteCarloで効率よく探索するためのメインクラス（多元系に対応）
- multiComponent.cpp
- 多元系のCluster expansionを扱うためのクラス
- parseInput.cpp
- 入力ファイルをparseするためのクラス．別途Boost libraryが必要
- clusterSort.cpp
- 対称性で判別されたクラスターを，ユーザ定義のsublatticeを元にソートし直す (４体クラスターまで対応)
- spinBank.cpp
- Ground State Searchを行うときのspinの配置を効率よく扱うためのクラス（多元系に対応）
- cellBank.cpp
- スーパーセルをユーザー定義の分割数に基いて並進対称性を保ったまま分割する
- gsSurfFast.cpp
- 表面の指定した層のみにおけるGround State Searchを効率よく行うためのメインクラス
- getSortCorrelation.cpp
- バルクと同タイプのクラスター毎にsortした表面クラスターの相関関数を求めるためのクラス
GUI software for phonon calculations
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- PhononC
- Lattice parameter, 原子番号等を入力することで格子振動の状態密度，分散関係，自由エネルギー，Debye温度などを計算する．
- RecursionF
- Recursion法により，力の定数の行列から任意の原子に射影した振動の局所状態密度を出力．非周期系にも適用可能．
Ruby scripts
- VASP utility
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- getCalcCondition.rb
- 複数の計算ディレクトリを対象に,計算の進捗状況,更新日時,マシン名,収束エネルギー等を出力
- fileStat.rb
- ファイルの更新日時等を扱うクラス
- parseVaspLog.rb
- VASPのログファイルをparseするためのクラス
- prepareVASP.rb
- POSCAR等から，自動的に計算ディレクトリ作成・CMC用の入力データ作成
- setMachine.rb
- MachineListを読み込んで，自動的にAuto-shellとmachineファイルを作成
- parseVasprun.rb
- vasprun.xmlをparseするクラス．ruby標準のxmlパーサーを使用しています
- C-EXPANDEX: Utility
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- getPseudoBinaryECI.rb
- 3元系のpairの相互作用を2元系のpairの擬相互作用に変換する
- getClusterPOSCAR.rb
- 指定したクラスターを表示するためのpositionファイルを出力する
- gaScript.rb
- energyのファイルに合わせて相関関数を整理するetc
- getComparisonBulkAndSurfECI.rb
- バルクと表面の有効相互作用を，対応したクラスターごとにgnuplot形式で出力
- getECISurfMC.rb
- 表面のMCに用いる有効相互作用エネルギーの順にECIをソートし直す
- getGroundState.rb
- Ground State convex hullを描くためのデータを出力
- getLSinSurf.rb
- 表面の有効相互作用をlinear programmingでfittingするためのLSファイルを出力
- getPureSurfLayerInfo.rb
- 表面スラブから，Bulk-layerからの寄与を差し引いたデータを出力
- getSameCorrelation.rb
- 二つのcluster.out.sortファイルを比較し，同一のクラスターの相関関数を探す
- identicalCluster.rb
- 厳密に等しいクラスター同士を扱うクラス
- identifyCluster.rb
- 表面とバルクで等しいクラスター同士を扱うクラス
- multiplyECI.rb
- 相関関数に用いた原子数とenergyファイルの原子数が異なるときにECIの辻褄を合わせる
- prepareGS.rb
- Ground state searchを組成刻みで用意する
- parseClusterOutSort.rb
- cluster.out.sortのパーサー
- parseCMCout.rb
- cmc.outのパーサー
- parseCORRELATION.rb
- CORRELATIONファイルのパーサー
- parseECI.rb
- ECIのパーサー
- parseENERGY.rb
- ENERGYファイルのパーサー
- parseMachineList.rb
- MachineListファイルのパーサー
- parseMCin.rb
- MC.inファイルのパーサー
- parseSigmaSet.rb
- sigmaSet.in(out)のパーサー
- parseSortIndex.rb
- sortIndex.out(in)のパーサー
- PHON utility
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- makePhonPOSCAR.rb
- SPOSCARとDISPから，displaceさせたPOSCARを自動生成する
- parseDISP.rb
- DISPファイルをparseするクラス
- forceForLH.rb
- Local harmonic modelのデータベース構築用に，平衡位置からの原子変位ベクトル，HF-Force，及び原子質量をまとめて出力する
- makePosForce.rb
- option [-m]: vasprun.xmlから，positionとForceを6列フォーマットで標準出力する．MapleプロシージャのPlotForce用の入力ファイル形式にも対応
- option [-c]: Forceのチェック用に，動かした原子にかかるForceのみを出力する．DISPファイルとvasprun.xmlが必要．ワイルドカード可．
- General
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- linearAlgebra.rb
- 行列演算関係のモジュール
- printData.rb
- データの標準出力関係のモジュール