（アルファ操作）「他のレイヤと操作」で、参照するレイヤを指定して実行できます。
参照の対象のレイヤを [A]、現在のレイヤを [B] として説明していきます。
フィルタ実行時の 「対象レイヤ」 に A のレイヤを指定してください。
透明な部分は透明に
[A] で透明な部分は [B] でも透明に、[A] で不透明な部分は [B] ではそのままです。[A] で点がある部分以外が透明になります。
影の色を別のレイヤに描いて後からはみ出した部分を消したりするのに使えます。
不透明な部分は透明に
[A] で不透明な部分は [B] では透明に、[A] で透明な部分は [B] ではそのままです。[A] で点がある部分が透明になります。
別のレイヤのイメージを元に切り抜いたりするのに使えます。
値をコピー
[A] のアルファ値をそのまま [B] のアルファ値とします。[B] の RGB 値は変わりません。値を足す
[B] のアルファ値に [A] のアルファ値を足します。値を引く
[B] のアルファ値から [A] のアルファ値を引きます。値を掛ける（乗算）
[A] のアルファ値×[B] のアルファ値÷255を [B] のアルファ値にします。[A] と [B] のアルファ値が両方適用されるような感じになります。
計算上、[A] と [B] いずれかが 0（透明）であれば 0 になります。
「透明な部分は透明に」 で影のはみ出しを消したら縁の部分がギザギザと目立つという場合はこちらを使ってみてください。
輝度からコピー
[A] の RGB 値から輝度（明るさ）を求め、その値をそのまま [B] のアルファ値にします。
→ 
[A] で白に近い色ほど [B] では不透明に、黒に近い色ほど [B] では透明になります。
白→黒のグラデーションを描いてそれを元にアルファ値のグラデーションを作ったりできます。
輝度から反転コピー
[A] の RGB 値から輝度（明るさ）を求め、その値を反転（255 から引く）したものをそのまま [B] のアルファ値にします。「輝度からコピー」 とは逆に、黒に近い色ほど不透明に、白に近い色ほど透明になります。