通常、路線を作成した後は、路線の設定が変更されることはありません。しかし、もっとたくさんの列車を走らせたいときや、もっと速く走りたいときなどに、また1から路線を作り直すわけにはいきません。
そこで路線改造を行えば、1から作り直す場合よりも安く設定を変更することができます。但し、大幅な変更の場合は新造した方が安い場合もあります。
どの設定を改造する場合でも、最低限必要な操作がありますので、それを今から紹介します。
①改造したい路線の、路線詳細コマンドを表示
②そこの路線改造をクリック
③以降はそれぞれの方法で
スピードアップをクリックすると、路線限界速度を上げることができます。もし車両の最高速度よりも、路線限界速度の方が低かったのなら、車両本来の力を発揮できるようになります。200km/hを越えていなければ10km/h、越えていれば20km/h分、スピードアップします。但し、スピードアップは5回までしか行えません。それ以上速度を上げたい場合は、作り直し（もう一度路線敷設をクリックする）を行ってください。
非電化路線では「電化工事」、電化路線では「非電化工事」をクリックすると、非電化路線を電化路線に、または電化路線を非電化路線にすることができます。
電化路線の場合、電車を走らせることができますが、費用はかかります。逆に非電化路線では、電車を走らせることができませんが、費用はかかりません。列車本数が増えるほど、電車は有利になります。
路線幅が、狭軌の路線は軌道拡大、標準軌の路線は軌道縮小をクリックすると、路線幅を変更することができます。
狭軌の場合、乗客を多く乗せることはできず、最高速度が300km/hに制限されますが、安い費用で作ることができます。一方で標準軌は、乗客を多く乗せられて、速度は360km/hまでOKですが、費用が多くかかります。ほとんどの車両は、どちらか一方でしか走らせることができませんので、できるだけどちらかに統一した方が良いでしょう。
路線増設をクリックすると、単線→複線→複々線→3複線…というように、一段階ずつ路線の数を増やすことができます。路線の数を増やすと、列車の運行本数が大幅に増加します。また、複々線以降の場合、運行速度も上がります。ただ、路線を増やすと、待避線がなくなりますので、単線から複線にした場合は、待避線を変更しておいた方が良いでしょう。複々線以上で待避線を増やす意味はありません。
路線撤去をクリックすると、…複々線→複線→単線→廃止 というように、路線の数を減らすことができます。また、単線の時にクリックすると、その路線を廃止することになります。当然路線の数を減らすと、列車の運行本数が大幅に減ります。
待避線変更をクリックすると、待避線の有無や、待避線の数を変更することができます。待避線は数を指定するのではなく、何km毎に設置するのかを、クリック後に指定します。頻繁に待避線を設ければ、運行本数を増やすことができますが、少し変えただけでは、大した違いは出てきません。
路線詳細コマンドから、路線改造を選択する以外にも、路線改造を行う方法があります。それは、路線ダイヤ設定や、系統ダイヤ設定時に、路線限界速度向上及び輸送力増強を行う方法です。一般的に、上記で行うのと大差は出ませんが、輸送力増強は状況に合わせて、待避線変更で済ませるか、路線を増やすかを自動的に決定してくれます。系統ダイヤ設定時は、輸送力が最も不足している路線を選んで行います。系統ダイヤ設定時に路線限界速度を上げると、全路線（上げられない路線を除く）に対して改良を行います。