顕微鏡デジタルカメラ写真は被写界深度が狭く、でこぼこのある物が対象だとフォーカスのある部分とぼけている部分が出来てしまいます。
フォーカスのある部分を移動させながらデジタルカメラで写真を複数枚撮り、その写真を合成して全面フォーカスのある写真を作り出すソフトです。
このソフトはフリーソフトですが、学術関係のみで利用可能とさせていただいています。 そのため、それ以外での使用、雑誌収録、リンク、URL紹介はお断りさせていただいております。 詳しくは同梱のテキストを参照してください。
以上で終わりですが、ソフトに読み込ませる前にノイズがある画像を使わないようにすると、より綺麗な写真が出来上がります。 また、計算前にレタッチは行わないでください（画像の縮小等も行わない方がよい）。出来上がった画像をレタッチするようにしてください。
なお、計算途中に計算を中止することもできますが、その場合は計算を再開することは出来ません。最初から計算させてください。
まず、ピント合わせですが、なるべく細かく行うようにしてください。 ピント合わせが大雑把過ぎると、出来上がる画像も大雑把になります。 次に一つのピント位置で複数の写真を撮り、その中からノイズが乗っているもの、撮影条件が違うもの（例えば他の画像に比べて明るいとか暗いとか、位置がずれているとか）は除いて計算するようにしてください。 また、なるべく同じ条件で撮影が行えるよう、条件設定を行ってください。例えば外光が入らないようにするとか、電源変動で顕微鏡の光源の状態が変わることを避ける等です。
ピント検出は注目しているドットが回りのドットとどれだけ色が違うかで判断しています（ピントが合っていないとボケて色が平均化される）。 そのためこのソフトは「ノイズに弱い」と言う弱点があります。 そのために「複数ファイルの平均化を行う」ことでノイズの影響を無くすようにしています。 平均化を行う場合、一つのピント位置で平均化を行うファイル数以上の撮影を行ってください。 上記の撮影条件が違うものをはじくために平均化を行う「数カット余計に撮影」しておくことをお奨めします。
また、一つのピント位置で複数枚撮影したからと言って、複数枚を平均化しなければいけないわけではありません。 顕微鏡撮影は「撮影条件を整えることができる」ので、ノイズが乗らない状態で撮影を行い「１ファイルのみ」で計算することでもっともシャープな画像が得られます。
このソフトは処理の簡略化のため（一般的に「手抜き」という）、最外部１ドットは計算していません。 画像サイズを合わせるため、ボーダーカラーを設定してその色で外側の１ドットは埋められます。 そのため、使える画像サイズは縦横共に２ドットづつ小さくなっています。 画像をレタッチする際はボーダーがあることを頭に入れて行ってください。
ボーダーからの設定はメニュー下の「RGB スピンボックス」で行います。 0 から 255 までの任意の数値を入れてもらえれば、その色で回りが縁取られます。
このソフトは非常に「CPU パワー（メモリ入出力も含めて）」が必要となります。 ですので、なるべく早いコンピュータを用意して、それで計算することをお奨めします。 また、メモリ容量やハードディスクのスピード、容量はそれほど必要ではありません。 ですから、このソフト専用のコンピュータを用意するとしたら「速い CPU」だけにお金を使うようにしてください。 私が開発に使っているようなコンピュータ（486DX2）は絶対使わないでください。いつまでたっても終わりませんから。^^;